Superboy Prime pertenece a un planeta paralelo conocido como Tierra Prima, una copia casi idéntica a nuestro mundo, donde los superhéroes del Universo DC, sólo aparecen en cómics, y son seres de ficción, sin embargo en ese universo existía un planeta Kriptón que fue engullido por el estallido de una supernova pero logro tele transportar de su momentos antes de su destrucción a un joven Kal-El, apareciendo solo en un bosque.
Sin embargo en las tierras paralelas las historias suelen repetirse y el pequeño Kal fue hallado por Jerry y Naomi Kent.
Ante la negativa de Jerry Naomi, le puso el nombre de Clark, como el superhéroe del universo DC, ya que este niño también había aparecido de la nada en un bosque y la similitud del apellido era muy tentadora.
El joven Clark vive la mayoría de su vida como un joven normal, algo discriminado debido al ataque de otros niños contra el por llevar el nombre de la identidad secreta de Superman, pero demostrando que no le importaba Clark asiste a una fiesta de disfraces vestido como Superman y después de besar a su novia, los poderes Kriptonianos de Clark se hicieron evidentes al momento en que de repente pudo volar en el aire. Justo en ese momento Superboy (que de ahora en mas llamaremos Superboy Prime) se encuentra con el Superman de Tierra-1 y este lo recluta para luchar contra el villano llamado Antimonitor, intentando salvar el universo en la Crisis en Tierras Infinitas. Lo que nunca supo Superboy Prime es que jamás podría regresar a su tierra ya que esta seria destruida durante la Crisis.
Sin embargo como Lois Lane y Superman de Tierra-2 (Kal-L) sobreviven en un limbo creado por Alexander Luthor (hijo del Lex Luthor de tierra 3).
En esta dimensión creada por Alexander Luthor, Superboy Prime empieza con el tiempo a volverse una persona solitaria y amargada. El tiempo no transcurre en esta dimensión por lo que no puede crecer y llega a la teoría de que la tierra que fue salvada en Crisis en Tierras Infinitas no es la tierra correcta, así junto a Alexander Luthor logran abrir un camino secreto hacia la Tierra con el objetivo de volver a restaurar el multiverso destruyendo la realidad y traer a Tierra Prima de vuelta.
Para llevar a cabo el plan y comenzar un caos controlado, Superboy Prime destruye la torre de la LJA en la Luna, y secuestra al Detective Marciano además de mover planetas enteros de sus orbitas para generar la guerra intergaláctica entre Rann y Thanagar.
Superboy Prime mantiene recelo y enojo en contra de Conner Kent, el actual Superboy de Tierra-1, estaba convencido que los héroes de la Tierra actuaban más como villanos que como héroes así que decide atacar a Conner comenzando una épica batalla no solo contra el sino tan bien con Los Jóvenes Titanes, la Patrulla Condenada y la Sociedad de la Justicia de América, matando e incapacitando a varios miembros, terminando la batalla contra los Flashes (Jay Garrick, Wally West y Bart Allen) llevándolo a través de la “Speed Force” (una dimensión a la que solo pueden acceder los súper corredores) a encerrarlo por 4 años, aunque solo han pasado Días en nuestra realidad.
Pero Superboy Prime volvió con una armadura que lo dota de energía de luz solar ilimitada que aumenta su poder, haciéndolo mas poderoso que Superman con un gran deseo de venganza y solo las fuerzas combinadas del Superman de tierra 1 y el de tierra 2 (el original de 1938) mas un sol rojo fueron necesarias para derrotar y encerrar al joven de acero de la tierra prima en una celda de contenimiento situada en el centro de un pequeño sol rojo custodiado por 50 Linternas Verdes.
Alli pasó una larga temporada mientras se flagela el pecho rasgándose en la piel el símbolo de Superman, demostrando que el debería ser “el verdadero” hombre de acero, pero sería liberado por los Sinestro Corps (Un grupo similar a los Green Lanters pero malvado) para que se una a ellos en la cruzada de dominar la tierra comenzando una verdadera guerra contra los linternas verdes y los superhéroes de la tierra, luchando principalmente contra docenas de ellos que le hacen frente, sin lograr mucho en su contra. Solo el verdadero Superman que viene dispuesto a detenerlo junto con Supergirl y Power Girl siendo superado por el poder de los tres kryptonianos combinados. Pero la luz solar del sol lo reconforta y logra escapar autoproclamándose el verdadero Superman rebautizándose como Superman (y no Superboy) Prime.
Sodam Yat, un Daxnamita (Raza que tiene casi los mismos poderes de los Kriptonianos) con los poderes de la Batería de energía verde de los Green Lanterns lo enfrenta como única línea de defensa en pie en una lucha brutal por toda la costa este de los Estados Unidos, pero es derrotado y Superman Prime se alza como vencedor, sin embargo uno de los guardianes del universo se sacrifica para poder destruirlo, desconociendo que en realidad, este acto heroico lo transporta hacia otra tierra en uno de los multiversos existentes, ya que el Multiverso (Universo con diferentes tierras paralelas) no fue destruido después de la última crisis y actualmente existen 51 tierras aparte de la original. 
Superman Prime vivió mucho tiempo creando el caos en otras realidades, buscando al forma de llegar a la tierra de la que fue exiliado (la tierra de Superman) con un traje parecido al de Superman, pero de color negro y con una S plateada en el pecho. Se enfrentó a versiones alternativas de los superhéroes y villanos matando a todos inclusive destruyendo planetas con la intención de destruir todo el multiverso para encontrar su tierra si es necesario.
Así debido a la explosión cuántica derivada de la las batallas que el mismo provocó, Prime queda atrapado en la línea del tiempo, donde posteriormente es rescatado por el time trapper ( Trampero del tiempo enemigo de la Legion de super Hermes) quien lo envía al siglo XXXI, para destruir a la legión de superhéroes.
Prime reúne a la Legión de Super-Villanos para aplastar a la Legión de Superhéroes. Que les da batalla junto con Superman llegado del siglo XXl mas las versiones de otras “Legiones” de otros universos y líneas de tiempo además de unos resucitados Bart Allen (Kid Flash) y Conner Kent "Superboy".
Durante la pelea Superman descubre que el Time Trapper, es en realidad el Superman Prime del futuro y cuando los dos “Primes” chocan se fusionan terminando el combate debido a que es tele portado a su tierra prima, que creía destruida.
Allí descubre que sus padres y novia estan vivos y el es un adolescente normal donde puede leer todo lo ocurrido en su vida en los actuales comics DC, sin embargo recuperar su tierra ya no le alcanza y queda atrapado en lo que seria nuestra realidad. Clark Kent alias Superman Prime acosa a los foros de DC comics en Internet, manifestando que nunca se libraran de el y que siempre encuentra la manera de escapar.
EXTRA DATA:
Cuando Superboy Prime intenta escapar del limbo que estaba encerrado en una pared de cristal dimensional, sus continuos golpes alteran la misma esencia de la realidad en la Tierra. Este asalto a la pared causa muchos cambios en la realidad espacio-tiempo, que se usa para explicar los cambios drásticos en personajes principales en la línea de la continuidad del Universo DC.
Estos cambios incluyen:
• El regreso de Jason Todd (Segundo Robin muerto por el Joker)
• Las diferentes versiones de la vida de Superman. (Sobre derecho de nacimiento/Man of Steel)
• La Patrulla Condenada es reformada.
• Las diferentes versiones de Donna Troy desde la primera Crisis.
• Las diferentes encarnaciones de la Legión de Super Héroes.
. También se lo considera fundamental para resolver el lió de la continuidad de la Legión de superhéroes.
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